Мутанты, пицца, нунчаки – ну, ты понял! Черепашки-ниндзя возвращаются, и теперь Нью-Йорк снова на грани хаоса. Четверо братьев – Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль – выходят из тени, чтобы сразиться с загадочной организацией ниндзя во главе с таинственным Шреддером. Но дело не только в битвах – парням предстоит раскрыть секрет их происхождения и понять, какую роль в этом сыграла зеленая субстанция. С каждым шагом они всё глубже увязают в заговоре, где на кону стоят не только их жизни, но и будущее всего города.