Когда Шреддер сбегает из-под стражи и объединяется с безумным ученым Бакстером Стокманом, чтобы создать опаснейшего сыворотку, черепашки оказываются в новой западне.. На стороне злодеев — глуповатые, но сильные Бибоп и Рокстеди. Однако у наших героев есть верные союзники: Эйприл (Меган Фокс, франшиза «Трансформеры»), Вернон (Уилл Арнетт, «Сопрано», «Секс в большом городе») и мстительный хоккеист Кейси Джонс (Стивен Амелл, «Дневники вампира», «Флэш»). И пока черепахи готовятся к бою, появляется еще более страшный враг — Крэнг, угрожающий всему миру.